এস আলম গ্রুপের বিরুদ্ধে অভিযোগ উঠেছে যে, তারা প্রাথমিকভাবে বিভিন্ন ব্যাংকের শেয়ার কিনে পরিচালনা পর্ষদে নিজের লোকজন বসিয়ে, তারপর নিয়ম-নীতি ভেঙে বিপুল পরিমাণ ঋণ নিয়েছে। এই প্রক্রিয়ায় তারা ছয়টি ব্যাংক থেকে প্রায় ৯৫ হাজার কোটি টাকা সরিয়েছে, যা ব্যাংক লুটের নতুন কৌশল হিসেবে উল্লেখ করা হচ্ছে। এর মধ্যে শুধু ইসলামী ব্যাংক থেকেই তারা ৭৫ হাজার কোটি টাকা নিয়েছে। সরকারি জনতা ব্যাংক থেকেও তারা সাড়ে ১৩ হাজার কোটি টাকা ঋণ নিয়েছে। এছাড়া সোশ্যাল ইসলামী, ইউনিয়ন, গ্লোবাল ইসলামী এবং ফার্স্ট সিকিউরিটি ব্যাংকসহ অন্যান্য ব্যাংক থেকেও কয়েক হাজার কোটি টাকা ঋণ নিয়েছে।
বিশ্লেষকদের মতে, এস আলম গ্রুপের এই কাজগুলি করতে সক্ষম হয়েছিল কারণ তারা ব্যাংকগুলোর পরিচালনা পর্ষদে নিজেদের লোক বসিয়েছিল, যারা ঋণ পাশ করাতে সহায়তা করেছে। বাংলাদেশ ইনস্টিটিউট অব ব্যাংক ম্যানেজমেন্টের সাবেক মহাপরিচালক ড. তৌফিক আহমেদ চৌধুরী এবং সেন্টার ফর পলিসি ডায়ালগের নির্বাহী পরিচালক ড. ফাহমিদা খাতুন বলেছেন, এস আলম গ্রুপের এসব কার্যকলাপে বাংলাদেশ ব্যাংক সহযোগিতা করেছে এবং প্রয়োজনীয় ব্যবস্থা নেয়নি। সাবেক দুই গভর্নরসহ কেন্দ্রীয় ব্যাংকের কয়েকজন কর্মকর্তাও এতে জড়িত থাকার অভিযোগ উঠেছে।
এই বিশাল পরিমাণ ঋণের বেশিরভাগই অনিয়মের মাধ্যমে নেয়া হয়েছে, যা ফেরত আসার সম্ভাবনা কম। এই অর্থ ফেরত না আসলে ব্যাংকগুলোর মূলধন ও লাভের ওপর চাপ পড়বে এবং বিপুল পরিমাণ খেলাপি ঋণ সামনে আসবে বলে বিশ্লেষকরা আশঙ্কা প্রকাশ করেছেন।